Согласно другой большой группе теорий, объясняющих механизмы контроля иммунного ответа генами, ареактивность обусловлена отсутствием Т-клеток, способных распознавать данное сочетание «антиген—рестриктирующийэлемент». Эти теории в основном стремятся показать, каким образом гаплотип МНС данного индивида вызывает «дыры» в репертуаре Т-клеточного распозна-вания. Существует три основных типа этих теорий: а) отсутствие ответа на данное сочетание антигена и рестриктирующего элемента связано с отсутствием в геноме генов, которые кодируют рецепторы, распознающие эту пару; б) отсутствие ответа на данную пару антигена и рестриктирующего элемента обусловлено удалением потенциально отвечающих Т-клеток при индукции толерантности к собственным антигенным структурам; в) отсутствие ответа на данную пару антигена и рестриктирующего элемента является результатом доминантной супрессии Т-клеток, специфичных к определенным сочетаниям антигенов и молекул класса II.