Это основное свойство иммунной системы (которым она исходно не обладает, но которое приобретается в процессе развития) нелегко совместить с концепцией идиотипической сети. На самом деле, в основе этой концепции лежит принцип существования внутренних образов всех антигенов, что значительно осложняет попытки понять, каким образом иммунная система различает свое и чужое.

Продолжительный контакт собственных молекул с иммунной системой может, по теории сети, привести к увеличению количества идиотипов, сходных со «своими», а не с «чужими» молекулами. Стремление элиминировать антитела, реагирующие с собственными антигенами, приводит к избавлению от супрессии, оказываемой идиотопами, сходными с собственными антигенами.